Muizen is de meest zuidelijke deelgemeente. Buurgemeentes zijn: Bonheiden, Hever en Hofstade. Is begrensd door de Leuvense vaart en in het westen loopt de Dijle door het gebied.
Muizen heef twee grote kernen: Muizen Dorp St-Albertus en Spreeuwenhoek Muizen. Verder is het dorp ook nog onderverdeeld in zeer verschillende buurten.
Muizen wordt doormidden gesneden door de N26 en de spoorweg Mechelen – Leuven.