Voor de oprichting van hun Nederlandstalig noviciaat koos de orde van de Jezuïeten Mechelen en vestigde zich in de huidige Keizerstraat omstreeks 1611.

Een nieuwe barokkerk (1670-1677) werd er opgericht naar ontwerp van Antonius Losson. De geveltop werd in 1709 vervolmaakt. Zowel de voorgevel als het interieur staann grotendeels in het teken van de Heilige Franciscus Xaverius. Het interieur is een samengaan van een gotisch geïnspireerde hallenkerk en een barokke ornamentiek. Na de opheffing van de orde in 1773, werd de kerk de parochiekerk Sint-Pieter-en-Paul.

Beschermd als monument dd. 25/03/1938